Chaque année, des rappels sanitaires révèlent que les produits de la mer peuvent être contaminés par des virus responsables d’intoxications alimentaires. Pour contribuer à la prévention de ces risques, Amarok Biotechnologies en tant que laboratoire d’analyse expert des coquillages, collabore au projet national Oxyvir. Ce programme porté par Actalia et le LCPME (Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l’Environnement, Université de Lorraine / CNRS) vise à développer une méthode de détection innovante, fondée sur l’analyse des virus bactériens (les bactériophages). Il permet ainsi d’estimer de manière indirecte la présence de norovirus infectieux dans les huîtres. Sa mise sur le marché renforcera la sécurité sanitaire des coquillages, soutenant la filière conchylicole et répondant aux attentes des professionnels en matière de qualité et de santé publique.
Des virus aux incidences majeures sur la sécurité sanitaire des coquillages
Des norovirus et certains phages ARN F-spécifiques peuvent s’accumuler dans les glandes digestives des coquillages. Invisibles à l’œil nu, difficiles à isoler, ils représentent pourtant une menace pour la santé alimentaire.
« On détecte ces virus en amont pour éviter que les producteurs doivent tout reprendre à zéro », explique une “technicienne”? du laboratoire (?). « Si une contamination est identifiée trop tard, cela peut entraîner des pertes massives, voire, obliger à recommencer toute la production. », XXXX ?, Amarok Biotechnologies.
Leur identification précoce permettra d’assurer une meilleure maîtrise de l’état microbiologique des huîtres. Elle renforcera la sécurité sanitaire pour les consommateurs et évitera des pertes économiques, potentiellement considérables pour les producteurs.
Oxyvir : Une méthode de détection rigoureuse de la contamination des huîtres par les virus
Le projet repose sur une organisation collective qui associe la filière conchylicole, des instituts de recherche et des laboratoires partenaires. Sur le terrain, des agents prélèvent régulièrement des huîtres dans des zones sensibles, notamment en période hivernale de forte circulation des virus. Chaque lot est soigneusement tracé (date, heure, zone), puis expédié sous chaîne du froid vers les laboratoires partenaires.
Amarok Biotechnologies intervient à ce stade. Il est l’un des deux seuls laboratoires en France à avoir reçu le transfert de la méthode de détection dite « FRNAPH-infectieux » dans les coquillages, aux côtés d’Actalia.
Trois types d’analyses sont réalisés au laboratoire :
- le dénombrement d’Escherichia coli ;
- la recherche des phages infectant les bactéries ;
- l’extraction des génomes viraux, envoyés ensuite à Actalia pour des analyses complémentaires.
« L’huître est disséquée pour étudier ses glandes digestives », explique une membre de l’équipe technique du laboratoire (lien vers interview Lou/Tiphaine). « Pour la technique des phages, nous broyons les tissus, les mettons en contact avec des bactéries, puis nous incubons. Si le phage est présent, il infecte les bactéries. C’est un bon indicateur de la présence potentielle de norovirus. », XXXX
Cette approche combinée permet de détecter la présence de virus, mais aussi de différencier les norovirus infectieux des non infectieux, ce que ne permettent pas les méthodes classiques d’analyse génomique. Il s’agit d’une réelle avancée pour la surveillance de l’état microbiologique des coquillages et la gestion du risque sanitaire.
Oxyvir 2 : validation nationale de la « technique phages » pour la détection de norovirus dans les huîtres
Lancé en 2016 avec le soutien de fonds européens, le projet Oxyvir a évolué vers une nouvelle phase appelée Oxyvir 2, labellisée par le pôle Aquimer et financée par le Fonds Européen pour les Affaires Maritimes et la Pêche (FEAMP). Cette seconde étape vise à valider à grande échelle l’utilisation des phages ARN F-spécifiques infectieux comme indicateur fiable de la présence de norovirus infectieux dans les huîtres.
Coordonné par le Comité National de la Conchyliculture (CNC) et les Comités Régionaux de la Conchyliculture, l’observatoire Oxyvir couvre 68 zones conchylicoles réparties sur le littoral français. Les prélèvements, hebdomadaires ou bimensuels, sont effectués entre novembre et avril, période de pic de circulation virale.
Les analyses comparent la persistance des phages et des norovirus dans les huîtres selon différents paramètres : température de l’eau, salinité, traitements de purification. Les résultats permettent d’adapter les pratiques de la filière en fonction des niveaux de contamination détectés.
Premiers résultats probants pour notre laboratoire d’analyse des coquillages
Les premières données confirment plusieurs avancées :
- Le génome des norovirus persiste beaucoup plus longtemps que les virus infectieux eux-mêmes dans les huîtres.
- Les huîtres saines ne se contaminent pas par simple proximité avec des huîtres infectées.
- La méthode fondée sur les phages ARN infectieux apparaît comme une alternative aux méthodes classiques : plus robuste, plus rapide et moins coûteuse.
- Les travaux ont déjà permis de définir de nouvelles durées de dépuration, intégrées dans un guide publié fin 2024 par le CNC.
Depuis 2017, plus de 500 échantillons ont été traités dans le cadre du projet, permettant de consolider plus de 400 données expérimentales. Ces résultats contribueront à la création d’outils de surveillance fiables et pratiques.
Rôle clé d’Amarok Biotechnologies pour la sécurité sanitaire des produits de la mer
Amarok s’impose comme un partenaire de proximité pour la filière conchylicole et agroalimentaire. Le laboratoire collabore avec plus de XXX entreprises bretonnes (producteurs, restaurateurs, industries) et se distingue par :
- sa réactivité (résultats souvent rendus en 48 h) ;
- son service personnalisé ;
- son accompagnement réglementaire et pédagogique (audits HACCP, formations en hygiène alimentaire).
Chaque année, le laboratoire assure notamment les analyses préalables à l’ouverture de la saison de pêche à la moule en baie du Mont-Saint-Michel, garantissant la conformité des produits AOP et Label Rouge.
« Nous sommes accrédités ISO 9001:2015, autorisés par la DRAAF à dispenser des formations, et régulièrement contrôlés », précise Charlotte Balzinger, ingénieure responsable. « Cette rigueur est indispensable pour maintenir la confiance de nos clients. »
Découvrez notre service de Contrôle d’hygiène alimentaire et environnementale en Bretagne.
En combinant innovation scientifique, maîtrise technique et ancrage local, Amarok contribue activement à la mise en œuvre de mesures de prévention concrètes pour la filière conchylicole. Sa participation au projet Oxyvir illustre son expertise comme laboratoire d’analyse des coquillages, et son implication dans la qualité des produits alimentaires et la sécurité sanitaire des consommateurs.
Besoin d’un accompagnement pour vos analyses sanitaires ou vos démarches réglementaires ? Faites appel à l’expertise terrain d’Amarok Biotechnologies.